Los jesuitas dejaron una profunda impronta en todo el territorio que incluía la Gobernación de Chiloé desde 1608 hasta su expulsión en 1767. Es decir, prácticamente durante todo el período colonial. Fueron sus famosas "misiones circulares", las que contribuyeron en gran parte a formar la identidad cultural chilota que colonizó toda la Patagonia actual (chilena y argentina).

Si bien el rey de España, Fernando VII había autorizado el retorno de los jesuitas a sus dominios en 1815, solo hasta 1848 fue que la Compañía de Jesús retomó permanentemente sus actividades en Chile. Esta vez priorizando la educación de las elites sobre la evangelización, como lo señala José Arenas SJ, en la Revista Mensaje N°420, 1999.

Se detalla que la fundación de su primer colegio en Chile, fue en Santiago, el San Ignacio de Alonso de Ovalle en 1856, y después de solo tres años la Escuela San José de Puerto Montt (actual Colegio San Francisco Javier) en 1859, representan esta nueva etapa.

Puerto

Con el objetivo de poder contar con un puerto que comunicase el nuevo territorio de colonización del Lago Llanquihue, se fundó Puerto Montt, el que en 1861 se transformó en la cabecera de la provincia de Llanquihue, lo que significó que esa pequeña aldea chilota se convirtiera en la cabecera de la colonización del Estado, desde Valdivia hasta Chiloé, la que fue la nueva área de evangelización y que de alguna manera cosechaba con nostalgia lo que habían sembrado.

La presencia jesuita comenzó en Puerto Montt el 23 de marzo de 1859 -a solo seis años de fundarse la ciudad- con los padres Teodoro Schwerter S.J., Bernardo Engbert S.J. y el hermano José Schörro S.J.

En cuanto se instalaron obtuvieron la autorización para abrir la Escuela San José el 15 de abril de 1859. Sin embargo, a dos días de haber desembarcado en Melipulli ya estaban en la práctica desarrollando sus labores pedagógicas: "después de la Santa Misa, invitaban a los niños para la enseñanza de la doctrina", pero el desafío era mayor desde el punto de vista cuantitativo y cualitativo ya que solo siete alumnos asistieron al primer día, dieciséis en el segundo y en el tercero llegaron a treinta, la mayor parte hijos de protestantes.

Originalmente los RR.PP. Jesuitas ocuparon un terreno y una vivienda incluyendo el cerro de los jesuitas que en ese entonces era mucho más extenso porque no estaba la calle Benavente y por el este (frente) llegaba hasta la calle Curicó.

Se trataba de la primera congregación religiosa que se instalaba en la naciente ciudad, aunque la primera capilla construida en el antiguo Melipulli fue iniciada en su construcción antes de la llegada de los colonos germanos.

El libro Historia de la Residencia…1859-1914 de los primeros jesuitas que relata en 144 páginas los hechos más importantes que se vivían en su residencia y escrito en más de un 60% por Francisco Enrich SJ señala al respecto: "…en el año 1851 habían comenzado a edificar los vecinos de Melipulli, Coihuín y de lugares circunvecinos…que después ha quedado al extremo sudeste de la nueva población…" la que fue bendecida por el párroco de Calbuco, Vicente Salazar, para su segundo aniversario el 12 de febrero de 1854.

Daños graves

De acuerdo con los Jesuitas, la situación era muy difícil para el catolicismo en los primeros años. "La naciente población estuvo en grande abandono hasta el año 1856 en que lograron un sacerdote que sirviera de fijo. Los daños que causó este abandono fueron gravísimos por la grande afluencia de chilotes que cada verano iba allá al corte de maderas. Años hubo en que se computaron en tres mil…" en un contexto demográfico donde Calbuco, como capital del distrito al que había pertenecido Melipulli. Solo contaba con 410 habitantes en 1854.

Lo más grave para los jesuitas era que "se habían establecido allí muchos protestantes" lo que se vio agravado -según ellos- ya que "para colmo de los males, el director de la Colonia, con el objeto de atraer mayor inmigración de extranjeros, había colocado en los empleos públicos a los alemanes, aunque fueran protestantes, y nombrado preceptores de casi todas las escuelas de aquel pueblo y su extenso territorio, sistema que llevaron adelante los señores intendentes (de esta zona) que le sucedieron en la dirección yen el gobierno de la Colonia".